Prezydent RP podpisał ustawę wprowadzającą obowiązkowy Krajowy System e-Faktur. Dnia 1 września 2025 r. ustawa nowelizująca przepisy ustawy o VAT została opublikowana w Dzienniku Ustaw. Nie ma już najmniejszych wątpliwości, że przedsiębiorcy powinni niezwłocznie rozpocząć proces przygotowań do nadchodzącego systemu e-fakturowania, bo obowiązkowy KSeF obejmie polskich podatników już od 2026 roku.
Od 2026 roku zdecydowana większość przedsiębiorców będzie zobligowana do wystawiania faktur wyłącznie w formie ustrukturyzowanej za pośrednictwem systemu teleinformatycznego Ministerstwa Finansów.
Wdrożenie obowiązkowego KSeF ma na celu przede wszystkim uproszczenie i ujednolicenie obiegu faktur w Polsce, ograniczenie zjawiska tzw. „pustych faktur” oraz zwiększenie efektywności kontroli podatkowych. Elektroniczny system zapewnić ma organom skarbowym natychmiastowy dostęp do wielu danych, a przedsiębiorcom większe bezpieczeństwo i standaryzację procesów rozliczeniowych.
Harmonogram wejścia w życie obowiązkowego e-fakturowania
Nowe regulacje wprowadzające nakaz wystawiania faktur ustrukturyzowanych z wykorzystaniem KSeF będą obowiązywały od:
- 1 lutego 2026 r. – dla tzw. dużych podatników VAT, których wartość sprzedaży za 2024 r. przekroczyła 200 mln zł brutto;
- 1 kwietnia 2026 r. – dla pozostałych przedsiębiorców;
- 1 stycznia 2027 r. – dla tzw. małych podatników VAT, u których suma sprzedaży opodatkowanej w danym miesiącu nie przekracza 10 tys. zł brutto.
Choć formalnie obowiązek wystawiania faktur w KSeF zacznie dotyczyć podatników innych niż tzw. duzi podatnicy VAT dopiero od 1 kwietnia 2026 r., to już od 1 lutego 2026 r. będą oni otrzymywali od największych firm faktury w formie ustrukturyzowanej. W praktyce oznacza to, że także i mniejsze podmioty powinny dostosować się do nowych zasad systemu e-fakturowania wcześniej – tj. już od lutego 2026 r.
Wystawienie faktur poza KSeF – nowe sankcje
Ustawodawca przewidział sankcje w postaci kar pieniężnych za uchybienie obowiązkom wystawiania faktur w formie ustrukturyzowanej przy użyciu KSeF. Sprzedawca może w takim wypadku zostać obciążony karą pieniężną do 100% kwoty podatku wykazanego na fakturze wystawionej poza KSeF, a w przypadku wystawienia faktury bez wykazanego podatku – karą pieniężną w wysokości do 18,7% kwoty należności ogółem wykazanej na tej fakturze wystawionej poza KSeF. Przewidziany został także okres przejściowy – do końca 2026 r. wystawianie faktur poza KSeF nie będzie obarczone powyższymi sankcjami.
Należy zauważyć, że powyższe kary pieniężne dotyczyć będą wyłącznie podatnika – sprzedawcy, który zobowiązany będzie do wystawiania faktur w nowym systemie e-fakturowania. Natomiast nabywca nie będzie w takiej sytuacji podlegał powyższym karom pieniężnym. Czy jednak zachowa on prawo do odliczenia podatku VAT z faktur wystawionych poza KSeF, mimo, że zgodnie z przepisami powinny one być wystawiane z wykorzystaniem systemu e-fakturowania?
Prawo do odliczenia VAT przez nabywcę
Przypomnijmy, że zgodnie z art. 86 ust. 1 ustawy o VAT, podatnikowi przysługuje prawo do obniżenia kwoty podatku należnego o kwotę podatku naliczonego, o ile towary i usługi są przez niego wykorzystywane do wykonywania czynności opodatkowanych, z zastrzeżeniem przewidzianych w przepisach włączeń. Podstawowym warunkiem odliczenia przez nabywcę podatku VAT wynikającego z otrzymanej przez niego faktury jest więc związek otrzymanej faktury z prowadzoną przez niego działalnością opodatkowaną, a także posiadanie statusu czynnego podatnika VAT.
W praktyce nie można wykluczyć, że niektóre faktury – mimo obowiązujących od 1 lutego 2026 r. przepisów – zostaną wystawione przez dostawców towarów lub usług poza KSeF. Taka sytuacja może mieć miejsce choćby w związku z awarią techniczną czy brakiem odpowiedniego dostosowania systemów fakturowania przez sprzedawcę zobligowanego do wystawiania faktur ustrukturyzowanych. Kolejnym przykładem sytuacji wystawiania faktur poza KSeF pomimo istnienia takiego obowiązku, mogą być zagraniczni przedsiębiorcy, realizujący czynności opodatkowane VAT w Polsce, którzy nie mają świadomości, że może ciążyć na nich obowiązek wystawiania faktur z wykorzystaniem KSeF. Zagraniczni przedsiębiorcy mogą bowiem automatycznie uznać, że nie posiadają w Polsce siedziby działalności gospodarczej ani stałego miejsca prowadzenia działalności gospodarczej (dalej: „FE”, z ang. fixed establishment) i nie są w związku z tym objęci obowiązkiem wystawiania faktur ustrukturyzowanych przy użyciu KSeF. W praktyce może jednak okazać się, że z uwagi na okoliczności towarzyszące działalności gospodarczej prowadzonej przez takiego zagranicznego dostawcę w Polsce, posiada on w Polsce FE, a więc wystawiana przez niego faktura sprzedażowa powinna przyjąć od 2026 roku formę ustrukturyzowaną.
Czy wystawienie faktury z naruszeniem obowiązkowego fakturowania przez KSeF wiązać się będzie z negatywnymi konsekwencjami dla nabywców towarów lub usług? Czy otrzymanie faktury od sprzedawcy, wystawionej w innej formie niż ustrukturyzowana, skutkować będzie brakiem prawa do odliczenia podatku VAT dla nabywcy?
Stanowisko organów podatkowych
Kwestia prawa do odliczenia VAT z faktur wystawionych poza KSeF znalazła już swoje odzwierciedlenie w wydawanych przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej interpretacjach podatkowych. W interpretacji indywidualnej z dnia 12 sierpnia 2025 r., nr 0114-KDIP1-3.4012.507.2025.1.JG Dyrektor KIS potwierdził, że nabywca zachowuje prawo do odliczenia podatku naliczonego z faktur zakupowych, nawet jeśli zostały one wystawione wbrew obowiązkowi – bez użycia KSeF.
Organ wskazał, że kluczowe znaczenie mają ogólne warunki odliczenia wynikające z ustawy o VAT, tj. istnienie związku nabytych towarów i usług z czynnościami opodatkowanymi oraz posiadanie statusu czynnego podatnika VAT. Sam fakt, że faktura nie została wystawiona w systemie KSeF, nie stanowi przesłanki negatywnej uniemożliwiającej odliczenie podatku naliczonego.
Stanowisko to wpisuje się w dotychczasową linię orzeczniczą, zgodnie z którą ewentualne uchybienia formalne po stronie sprzedawcy nie powinny pozbawiać nabywcy prawa do odliczenia VAT, o ile transakcja miała miejsce i została prawidłowo udokumentowana. Dla nabywcy istotne jest zatem przede wszystkim, aby faktura odzwierciedlała rzeczywiste zdarzenie gospodarcze i spełniała pozostałe ustawowe wymogi warunkujące prawo do odliczenia podatku VAT.
Potwierdzenie prawa do odliczenia VAT z faktur wystawionych bez użycia KSeF znajdziemy również w interpretacjach indywidualnych Dyrektora KIS z dnia 4 marca 2025 r., nr 0114-KDIP1-3.4012.838.2024.1.MPA, z dnia 21 marca 2024 r., nr 0112-KDIL1-3.4012.2.2024.2.KK, czy z dnia 19 marca 2025 r., nr 0112-KDIL1-3.4012.596.2023.3.KK.
Dyrektor KIS wskazuje, że czynni podatnicy VAT będą mieli prawo do odliczenia podatku naliczonego, nawet jeśli otrzymywane przez nich faktury zostaną wystawione wbrew obowiązkowi – poza KSeF. W wydawanych przez Dyrektora KIS interpretacjach podkreśla się, że kluczowe znaczenie mają ogólne warunki odliczenia podatku naliczonego wynikające z ustawy o VAT, w tym:
- faktyczne zrealizowanie udokumentowanej transakcji gospodarczej,
- powiązanie nabywanych towarów lub usług z czynnościami opodatkowanymi nabywcy,
- posiadanie statusu czynnego podatnika VAT.
Dyrektor KIS wyraźnie zaznacza, że brak użycia systemu KSeF nie będzie stanowić przesłanki wykluczającej odliczenie VAT, a przepisy dotyczące obowiązkowego korzystania z KSeF odnoszą się wyłącznie do obowiązków sprzedawcy, nie zaś do nabywcy, z czym jak najbardziej należy się zgodzić. Wydawane przez Dyrektora KIS interpretacje w tym zakresie jednoznacznie potwierdzają, że prawo do odliczenia VAT przysługuje nabywcy również w przypadku faktur wystawionych poza Krajowym Systemem e-Faktur (KSeF), pod warunkiem spełnienia standardowych wymogów uprawniających do odliczenia podatku VAT.
KSeF – kluczowy moment na zapewnienie płynności rozliczeń VAT
Nowe przepisy oznaczają dla przedsiębiorców konieczność starannego przygotowania do obowiązkowego stosowania KSeF. Odpowiednio wczesne i kompleksowe przygotowanie systemów księgowych, umów z kontrahentami i procedur obsługi i obiegu faktur w firmie, zapewni płynne przejście na obowiązkowe e-fakturowanie od 2026 r., minimalizując ryzyko nieprawidłowości i umożliwiając efektywne korzystanie z prawa do odliczenia VAT.
