Już za chwilę zdecydowana większość podatników VAT zostanie objęta obowiązkiem wystawiania faktur w ramach Krajowego Systemu e-Faktur (KSeF). Choć system ma usprawnić procesy fakturowania, w praktyce nie wszyscy podatnicy będą od razu gotowi do jego wdrożenia.
Możliwe są sytuacje, w których faktura – pomimo obowiązku – zostanie wystawiona poza KSeF. Powody mogą być różne: opóźnienia w przygotowaniu systemowym, celowe opóźnienie wdrożenia (z uwagi na zawieszenie sankcji do 2026 roku), pomyłki co do daty objęcia obowiązkiem, czy brak świadomości istnienia stałego miejsca prowadzenia działalności (w przypadku podatników zagranicznych).
Pojawia się wówczas zasadnicze pytanie: czy faktura wystawiona poza KSeF uprawnia nabywcę do odliczenia podatku VAT?
Faktura poza KSeF nadal fakturą w rozumieniu ustawy o VAT
Przepisy ustawy o VAT jednoznacznie dopuszczają wystawianie faktur zarówno w formie papierowej, jak i elektronicznej. Kluczowe jest, że wystawienie jej poza KSeF – choć może oznaczać naruszenie obowiązku po stronie sprzedawcy – nie przekreśla jej mocy dowodowej ani funkcji podatkowej. Faktura taka nadal spełnia definicję faktury VAT, a ograniczenia w odliczeniu podatku (zawarte w art. 88 ustawy o VAT) nie obejmują faktur nieuwzględnionych w KSeF.
Oczywiście, aby móc odliczyć podatek naliczony, muszą być spełnione ogólne przesłanki z art. 86 ustawy o VAT, w tym związek zakupów z działalnością opodatkowaną. Niemniej jednak sam fakt niewystawienia faktury w KSeF nie wpływa na prawo do odliczenia. Ewentualne negatywne potencjalne konsekwencje spoczywają wyłącznie na wystawcy.
Stanowisko organów podatkowych
Powyższe podejście znajduje potwierdzenie w aktualnych interpretacjach indywidualnych wydawanych przez Dyrektora Krajowej Informacji Skarbowej. Przykładowo w interpretacja z 14 stycznia 2026 r., sygn. 0112-KDIL1-1.4012.856.2025.1.MG Dyrektor KIS jednoznacznie potwierdził, że: „Prawidłowe wystawienie faktury papierowej, elektronicznej czy ustrukturyzowanej pod kątem formalnym i materialnym, stanowi spełnienie jednej z przesłanek do skorzystania z prawa do odliczenia. Jej wystawienie bez użycia Krajowego Systemu e-Faktur nie powoduje jednak tego, że wadliwie wystawiony dokument nie stanowi dowodu istnienia prawa do odliczenia podatku naliczonego.” Podobnie w interpretacja z 21 stycznia 2026 r., sygn. 0113-KDIPT1-3.4012.1110.2025.1.KAK, że pomimo braku wykorzystania KSeF, prawidłowo wystawiona faktura umożliwia odliczenie VAT przez nabywcę – o ile spełnione są inne przesłanki ustawowe.
Wnioski
Choć KSeF staje się obowiązkowy, podatnicy nie powinni obawiać się utraty prawa do odliczenia VAT z faktury, która została wystawiona poza systemem. Organy podatkowe potwierdzają, że nabywca nie traci prawa do odliczenia podatku naliczonego, jeśli otrzymana faktura spełnia wymogi formalne i materialne – niezależnie od kanału, w jakim została wystawiona.
Nie oznacza to jednak, że można całkowicie lekceważyć obowiązki związane z KSeF – ryzyka i sankcje mogą dotknąć wystawców faktur. Dlatego warto już dziś zadbać o zgodność z nowymi przepisami, szczególnie że zwolnienie z kar za niestosowanie KSeF przewidzianych ustawą o VAT obowiązuje tylko do końca 2026 r.
Mikołaj Ratajczak
Partner
