Faktura zaliczkowa a wartość transakcji kontrolowanej

W interpretacji indywidualnej z 13 lipca 2026 r., sygn. 0111-KDIB1-1.4010.225.2026.1.MF, Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej odniósł się do sposobu ustalania wartości transakcji kontrolowanej na potrzeby weryfikacji progów dokumentacyjnych w sytuacji, w której w ramach transakcji pomiędzy podmiotami powiązanymi została wystawiona faktura zaliczkowa.

Organ wskazał, że faktura zaliczkowa powinna zostać uwzględniona przy ustalaniu wartości transakcji kontrolowanej za rok podatkowy, w którym została wystawiona, nawet jeżeli z perspektywy podatku dochodowego zaliczka nie stanowi jeszcze przychodu tego okresu. Kluczowe znaczenie ma w tym zakresie brzmienie art. 11l ust. 2 pkt 1 Ustawy o CIT, który odwołuje się do faktur otrzymanych lub wystawionych dotyczących danego roku podatkowego.

Czego dotyczyła sprawa?

Wnioskodawcą był instytut badawczy będący polskim rezydentem podatkowym. W 2025 r. Wnioskodawca zawarł z podmiotem powiązanym umowę obejmującą m.in. zaprojektowanie, wytworzenie i dostarczenie dokumentacji technicznej dla określonego produktu, dostarczenie próbnej partii tego produktu, przeniesienie praw autorskich oraz świadczenie wsparcia technicznego (transakcja usługowa).

W ramach zawartej umowy strony ustaliły, że podmiot powiązany udzieli Wnioskodawcy zaliczki na poczet przyszłych płatności w wysokości 2 000 000 zł netto. Zaliczka miała być następnie proporcjonalnie rozliczana w kolejnych fakturach częściowych wystawianych w trakcie realizacji umowy. W 2025 r. Wnioskodawca wystawił fakturę zaliczkową, a następnie fakturę rozliczającą obejmującą jedynie część otrzymanej zaliczki. Pozostała część zaliczki miała zostać rozliczona dopiero w 2026 r.

Wątpliwości podatnika dotyczyły obowiązków z zakresu cen transferowych za 2025 r. Wnioskodawca argumentował, że nie jest zobowiązany do sporządzenia lokalnej dokumentacji cen transferowych ani zaraportowania transakcji z podmiotem powiązanym, m.in. dlatego że wartość przychodu rozpoznanego z tytułu transakcji w 2025 r. nie przekroczyła progu dokumentacyjnego wynoszącego 2 000 000 zł.

Zdaniem Wnioskodawcy, dla ustalenia wartości transakcji kontrolowanej należało uwzględnić tę część transakcji, która została rozliczona i stanowiła jego przychód w 2025 r., a nie pełną wartość wystawionej faktury zaliczkowej.

Stanowisko Dyrektora KIS

Dyrektor KIS uznał stanowisko Wnioskodawcy za nieprawidłowe w zakresie sposobu ustalenia wartości transakcji kontrolowanej. Organ wskazał, że na potrzeby weryfikacji progu dokumentacyjnego nie można ograniczyć się wyłącznie do wartości przychodu rozpoznanego w danym roku ani do wartości wynikającej z faktury rozliczeniowej.

Zgodnie z art. 11l ust. 2 pkt 1 Ustawy o CIT wartość transakcji kontrolowanej określa się na podstawie otrzymanych lub wystawionych faktur dotyczących danego roku podatkowego, jeżeli faktura została wystawiona. Zdaniem Dyrektora KIS przepis ten nie wyłącza faktur zaliczkowych. W rezultacie faktura zaliczkowa wystawiona w 2025 r. powinna zostać uwzględniona przy określaniu wartości transakcji kontrolowanej właśnie za ten rok.

Organ podkreślił tym samym rozdzielenie zasad rachunkowych i podatkowych dotyczących momentu rozpoznania przychodu od zasad określania wartości transakcji kontrolowanej na potrzeby cen transferowych. Fakt, że otrzymana zaliczka nie została jeszcze w całości rozliczona i nie stanowiła w całości przychodu Wnioskodawcy w 2025 r., nie oznacza, że jej wartość można było pominąć przy ustalaniu wartości transakcji kontrolowanej.

W konsekwencji, Dyrektor KIS uznał sposób argumentacji Wnioskodawcy za nieprawidłowy w zakresie sposobu ustalania wartości transakcji kontrolowanej. Jednocześnie, organ potwierdził, że w przedstawionych okolicznościach nie powstanie obowiązek sporządzenia lokalnej dokumentacji cen transferowych ani zaraportowania przedmiotowej transakcji za 2025 r. Powodem nie był jednak poziom przychodu rozpoznanego przez Wnioskodawcę, lecz fakt, że prawidłowo ustalona wartość transakcji – uwzględniająca fakturę zaliczkową – wynosiła 2 000 000 zł i tym samym nie przekraczała ustawowego progu dokumentacyjnego.

Dlaczego ta interpretacja jest istotna?

Interpretacja zwraca uwagę na istotną różnicę pomiędzy wartością rozpoznawanego przychodu a wartością transakcji kontrolowanej ustalaną na potrzeby określenia obowiązków dokumentacyjnych i raportowych w zakresie cen transferowych. Te dwie wartości nie muszą być ze sobą tożsame.

Art. 11l ust. 2 Ustawy o CIT ustanawia hierarchię dokumentów i danych wykorzystywanych przy określaniu wartości transakcji kontrolowanej. Jeżeli została wystawiona faktura, wartość transakcji ustala się przede wszystkim na podstawie otrzymanych lub wystawionych faktur dotyczących danego roku podatkowego.

Stanowisko Dyrektora KIS może mieć szczególne znaczenie w przypadku transakcji realizowanych na przestrzeni kilku lat podatkowych, w ramach, których stosowane są zaliczki, przedpłaty lub etapowe rozliczenia wynagrodzenia. Może bowiem dojść do sytuacji, w której wartość przychodów lub kosztów rozpoznanych w danym roku będzie znacząco niższa od wartości transakcji kontrolowanej określonej dla potrzeb ustalenia obowiązków dokumentacyjnych i raportowych w zakresie cen transferowych.

Interpretacja Dyrektora KIS potwierdza zatem, że przy ustalaniu wartości transakcji kontrolowanej na potrzeby progów dokumentacyjnych należy brać pod uwagę również faktury zaliczkowe dotyczące danego roku podatkowego. Moment rozpoznania przychodu nie przesądza o wartości transakcji ustalanej na potrzeby obowiązków dokumentacyjnych i raportowych w zakresie cen transferowych. Jednocześnie każda sytuacja powinna być analizowana indywidualnie, z uwzględnieniem charakteru transakcji, sposobu jej dokumentowania oraz zasad określania wartości transakcji wynikających z art. 11l Ustawy o CIT.